اثرات بوتاکس معده معمولاً بین ۴ تا ۶ ماه ماندگاری دارد. پس از این دوره، عضلات معده به تدریج به حالت طبیعی خود بازمی‌گردند و اثر بوتاکس از بین می‌رود. در صورت تمایل به ادامه روند کاهش وزن یا حفظ نتایج، می‌توان تزریق را پس از مشورت با پزشک و در صورت لزوم، تکرار کرد. لازم به ذکر است که موفقیت این روش تا حد زیادی به رعایت رژیم غذایی و سبک زندگی سالم پس از تزریق نیز بستگی دارد.

بوتاکس معده به طور کلی یک روش ایمن با عوارض جانبی خفیف و موقت است. شایع‌ترین عوارض شامل حالت تهوع، سوءهاضمه، نفخ، یا درد خفیف در ناحیه شکم است که معمولاً طی چند روز برطرف می‌شوند. عوارض جدی‌تر بسیار نادر هستند. از آنجایی که این روش توسط آندوسکوپی انجام می‌شود، خطرات مرتبط با آندوسکوپی مانند خونریزی یا سوراخ شدن معده نیز بسیار نادر است. انتخاب پزشک متخصص و مجرب برای به حداقل رساندن خطرات اهمیت زیادی دارد